Pierwszy ośrodek masowej zagłady założony został w listopadzie 1941 roku, a zlikwidowany w kwietniu 1943 roku. Ponownie działał od 26 czerwca do 14 lipca 1944 roku. Eksterminacji dokonywano w przewoźnych komorach gazowych (Spezialwagen), przy użyciu gazu spalinowego. Żydzi przywiezieni do Chełmna wchodzili do pałacu, rzekomo do kąpieli. Dalej zaganiani byli do wnętrza auta gazowego. Po uruchomieniu silnika (spaliny wydostawały się do wnętrza wozu) samochód jechał do oddalonego 4 km od Chełmna lasu rzuchowskiego, gdzie ekipa Żydów-robotników zajmowała się grzebaniem zwłok w rozległych rowach-mogiłach. Latem 1942 roku, prawdopodobnie w obawie przed epidemią, rozkopano mogiły i zwłoki spalono w krematoriach.
  W pierwszej kolejności wymordowano Żydów z okolicznych gett: Koła, Dębia, Izbicy Kujawskiej. Od 1942 roku zaczęto przywozić Cyganów z Łodzi i Żydów z getta łódzkiego oraz Żydów z Niemiec, Austrii i Czechosłowacji. Trudno określić wiarygodną liczbę ofiar ośrodka w Chełmnie. Szacunkowe wyliczenia wahają się od 250 tys.-350 tys. ofiar, przede wszystkim Żydów. Zginęło tutaj także około 5 tys. Romów, 5 tys. jeńców radzieckich i prawdopodobnie 82 dzieci z czeskich Lidic i dzieci polskie z Zamojszczyzny.

Na terenie obozu powstał pomnik oraz niewielkie muzeum, któego otwarcie odbyło się 17 czerwca 1990 roku.

Pamięć zamordowanych uczczono wznosząc pomnik-ścianę z symboliczną bramą i napisem "Pamięci Żydów pomordowanych w Chełmnie 1941-1945". Dla zwiedzających udostępnione są również ekspozycje w pawilonie muzealnym.

 
Chełmno nad Nerem