Ośrodek zagłady istniał tu od marca 1942 roku do października 1943. Do ośrodka przywożono transporty Żydów z całej Polski, następnie z zagranicy - Austrii, Belgii, Ukrainy, Rumunii, Węgier, Francji i Holandii. Przybyłych kierowano najczęściej prosto do komór gazowych, a ciała zakopywano, później palono. Ogółem zginęło tu około 250 tys. Żydów.
  14 października 1943 roku wybuchło pod przywództwem radzieckiego oficera Aleksandra Peczorskiego powstanie więźniów i jako jedyne zakończyło się częściowym powodzeniem. Podczas walki zginęło 300 więźniów, 600 zbiegło, lecz większość wyłapano i stracono. Uratowało się jedynie 49 więźniów. Po tym zdarzeniu Niemcy zlikwidowali obóz i usiłowali zatrzeć ślady zbrodni.

W 1965 roku dla upamiętnienia ofiar zbrodni na terenie byłego ośrodka zagłady wystawiono Pomnik Pamięci Ofiar i kopiec usypany ze szczątków ludzkich. Napis na pomniku brzmi: "W tym miejscu, w latach 1942-43, istniał hitlerowski obóz zagłady, w którym zamordowano ponad 250 000 Żydów i około 1000 Polaków."

Od 1999 roku prowadzone są na tym terenie badania archeologiczne, które dostarczają nowych informacji o zagładzie więźniów Sobiboru.

W 1993 roku, w pięćdziesiątą rocznicę buntu, utworzono Muzeum Byłego Hitlerowskiego Obozu Zagłady w Sobiborze, które stanowi dziś filię Muzeum Pojezierza Łęczyńsko-Włodawskiego.